南京市第二医院创建于1933年，为原中华民国国立传染病医院。1996年由原南京市钟阜医院和南京市传染病医院合并，定名为"南京市第二医院"。如今医院专业设施完善，技术力量雄厚，医疗设备先进，是集医疗、教学、科研为一体的江苏省三级医院，也是全省规模最大的肝病专科医院，南京市属唯一的肿瘤医院。现任院长赵伟博士是江苏省传染病学科带头人，江苏省医学领军人才。
　　南京市第二医院地处六朝古都--南京，占地面积27908平方米，建筑面积52714平方米，核定床位600张，开放床位380张。现有在职职工725人，医技人员占75%。正高级专家教授33人，副高级专家教授74 人，其中享受国务院特殊津贴专家7人，省医学领军人才1人，省333工程人才5人，有突出贡献中青年专家1人，市有突出贡献中青年专家2人，市中青年拔尖人才2 人，市"行业技术学科带头人"5人，硕士研究生指导老师13人，博士10人，硕士63人。全国学会副主委1人，委员3人，省级学会主任委员1人，副主任委员4人，省级学会常委13人，委员10人。
　　南京市第二医院是江苏省传染病诊疗技术中心，江苏省传染科质量控制中心，江苏省中西医结合肝病研究中心，东南大学医学院附属医院。医院设有肝病内科、外科、妇产科、儿科、感染病科、中西医结合科、ICU重症监护室、人工肝治疗中心、肿瘤科（南京市肿瘤医院设在该院）、消化科、骨科、性病科、介入放射和放疗科、肝病检测中心、体检中心等临床医技科室。门诊设有相应的专科及专家特色门诊、动宠物咬伤防疫门诊、性病门诊等。传染病科为江苏省重点学科，传染内科为江苏省重点临床专科，肝病内科、中西医结合科、感染病科、肝病检测实验中心为南京市重点专科。
　　南京市第二医院除拥有一大批优秀专业人才外，还拥有价值数千万的高精尖医疗设备。包括瑞典核苷酸多态分析系统、美国雅培免疫分析系统、雅培全自动生化分析仪、流式细胞仪、基因DNA核酸测序仪、日本超速离心机、英国程序冷冻仪、美国全波长酶标仪、定量PCR仪、血气分析仪、特定蛋白分析仪、瑞典产血液透析机、人工肝支持系统、MARS分子吸附人工肝、美国数字胃肠X光机、德国西门子全身CT、西门子直线加速器、菲利浦C臂X光机、CR、DR、美国产GE彩超、三维立体放疗系统、X线模拟定位仪、腔内后装治疗机，以及无创、有创呼吸机和心电监护仪等先进仪器设备。为医院的医疗及科研工作的开展提供了保证，使医院各种检查及检测项目准确性和精确率都处于全省领先水平。
　　南京市第二医院在开拓医学新领域、探索新技术、新疗法方面一直处于领先地位，多项诊疗技术达到国内领先水平。人工肝抢救治疗重型肝炎技术全国领先：治疗方式最全；治疗病人最多，近五年人工肝治疗重型肝炎2000余台，位列全国第二；在国内率先开展序贯组合非生物人工肝支持治疗，明显提高疗效。获省部级奖多项。肝炎及肝癌的基因诊断技术全国领先：主持完成江苏省科技厅、卫生厅重大科研项目，《病毒性肝炎基因诊断芯片的实验研究与临床应用》，研制出能对乙型、丙型肝炎病毒基因分型及变异诊断的基因诊断芯片；已完成乙肝病毒全基因克隆CP区X区测序及单核苷酸变异图谱分析指导临床抗病毒治疗；基因差异研究已发现与肝炎、肝硬化、肝癌密切相关的突融基因及去甲基化位点参加美国肿瘤年会大会交流。肝炎高危产妇的抢救治疗及乙肝母婴阻断水平达国内领先：近五年抢救治疗分娩乙肝高危产妇3300例，完成了5400余例乙肝母婴传播阻断治疗，在全国传染病院中位列第一，2100余例婴儿完整随访一年，乙肝阻断率达92%；完成乙肝宫内感染与阻断，高黄疸孕妇的鉴别诊断，及抢救等多项研究，获省市科技进步奖7项。艾滋病诊治水平省内领先：近五年已收治HIV/AIDS患者近200例，进行了HIVRNA定量检测，HART抗病毒治疗，机会感染防治，医护人员防护及意外，暴露损伤后的抢救，中医中药免疫重建等系列研究，无论是临床治疗病例数还是科研立项获奖均居全省第一。
　　南京市第二医院作为南京大学医学院、南京医科大学、南京中医药大学、南通大学教学医院、东南大学医学院硕士研究生培养点及省级医学继续教育基地之一，其科研水平得到公认。近五年获科研成果34项，其中部级奖2项，省科技进步奖4项，省卫生厅新技术引进一等奖4项，二等奖10项，南京市政府科技进步奖14项，其中一等奖3项，二等奖1项，三等奖10项。已完成省部级科研项目10项，目前正承担的国际合作项目1项，省部级项目10项，编写专著7部，获专利证书1项。发表SCI论文9篇，中华系列期刊论文31篇。医院每年承担东南大学本科5个班，研究生2个班，南京大学研究生1个班，南京中医药大学留学生4个班传染病教学任务，已独立培养毕业传染病硕士研究生12人。近五年独立承担完成国家级传染病继续医学教育班3期，省级传染病继续医学教育学习班12期。举办南京市烈性传染病学习培训班3期。
　　南京市第二医院积极开展对外学术交流和医疗技术横向联合工作。近五年来，医院先后接待美国、德国、澳大利亚等国家医学代表团。每年派出多批专家赴国外进修、参加学术交流和参观学习活动，并与省内20多家市、县级医院建立友好合作关系。
　　南京市第二医院十分重视环境的美化、绿化工作，门诊及病房周围建立了绿化带，院内各种花卉争奇斗艳，环境优美，为名副其实的花园式医院。2007年投入使用的3.3万平方米新门诊病房大楼配有各种现代化医疗、抢救设施，可满足不同层次患者的需要，为病人提供了舒适的就医场所。
　　南京市第二医院两次荣获全国卫生系统先进集体、卫生部"全国抗非先进集体"、中组部"全国抗非先进基层党组织"等荣誉称号，连续多年保持江苏省文明单位、南京市文明单位称号。
　　南京市第二医院在"十一五"发展规划中提出了新的奋斗目标，以国家重点实验室--东南大学分子生物与电子试验室和美国VA医院中心实验室为依托，建立本学科高水平的分子与细胞基础研究实验室，争取在病毒性肝炎、肝癌、艾滋病的细胞免疫和分子生物学治疗研究上取得较大突破，同时提高对SARS、禽流感等突发传染病的应急抢救及诊治水平，建立国内一流的传染病学科，并由专科医院向综合性医院转变。我们有信心把医院建成人民群众满意、放心的研究创新型、资源节约型和人文和谐型医院，以优质的服务奉献于社会、奉献于病人，为保障人民健康做出新的贡献。