自治区人民医院分院（原新疆交通医院）始建于1984年，是一所集医疗、教学、科研、预防、康复、社区卫生服务于一体的二级甲等综合型医院。2005年10月自治区人民政府批复交通医院整体移交自治区人民医院并确定为自治区人民医院分院，是自治区、乌鲁木齐市、商业保险的“定点医疗机构”，自治区高速公路、市120急救的院前急救站，“乌鲁木齐骨科医院”，北京积水潭医院“骨科协作中心”。
 分院隶属新疆维吾尔自治区人民医院领导，现占地面积2.8万平方米，建筑面积3.3平方米。分院目前有19个临床科室，6个医技科室，13个行政职能科室，3个中心（体检中心、社区服务中心、社区离退休服务中心）。职工总数500余名，编制床位160张，对外开放床位350张。年门诊诊疗6万余人次，年出院病人5千余人次，年手术3千余例。
 分院拥有大型CT、C型臂血管机、CR、DR、高压氧仓、体外碎石机、电子胃镜、电子肠镜、氩气刀、全自动大生化、西门子彩超、等大型医疗设备，为广大的患者创造了良好的就医条件。分院的心脏中心，心内科、骨科，泌尿科，消化科，妇产科、口腔科，体检中心等均成为分院的专科特色，对各种心脏疾病和骨科疾病的治疗居于全疆同级医院领先水平。心脏中心能独立开展法乐氏四联症、心内膜垫缺损、单双瓣置换、三尖瓣下移畸形、搭桥、房、室间隔缺损、介入、单项起搏器、房缺、封堵，等重大手术。
 分院能单独开展高难度人工髋、膝关节置换术、人工关节翻修术、骨肿瘤切除术、消化危重症抢救、疑难消化疾病的诊治、胆胰管结石的内镜下碎石及十二指肠乳头括约肌切开取石术，内镜下鼻胆引流术、胆胰管狭窄扩张支架置入术、消化介入等方面的高新尖诊断治疗技术、腹腔镜全膀胱切除术、肾部分切除术、腹腔镜下前列腺癌根治术、胸腺切除术、宫腔镜结合腹腔镜联合手术、治疗动脉瘤等疾病，其中一些手术已填补了医院、自治区乃至西北地区的空白，为医院实现“大专科、小综合”和可持续发展奠定了良好的基础。
 分院在自治区人民医院的统一的管理下，分院领导班子团结奋进、开拓进取、以人为本，以科学发展观带动分院全面发展，推出了“一日清单制” “二级医院收费三级医院医疗”“三餐免费”“便民大药房”“预约挂号”“社区服务” 等多项便民举措，为广大的患者提供了较好的医疗服务。