昆明医学院口腔医院前身为创建于1979年的口腔医学系。2001年10月学校根据建设发展的需要更名为口腔医学院。2004年9月经省委省政府和省卫生厅批准。整合第一附属医院6个口腔临床科室和第二附属医院口腔科组建昆明医学院附属口腔医院。于2006年10月18日正式挂牌。昆明医学院口腔医学院（医院）经过不断的建设和发展。现已成为云南省唯一集教学、医疗、科研为一体的口腔医学人才培养基地。
　　口腔医学院和附属口腔医院目前实行“两块牌子。一套班子”的管理模式。设有综合办公室、工会、团委、学生办公室、教学管理办公室、财务科、医护科、科教科和后勤设备科等部门。现有正式在编职工118名。其中教授（主任医师）5名。副教授（副主任医师）36名。讲师（主治医师）40名；具有博士学位者12名。具有硕士学位者34名。博士生导师1名。硕士生导师21名。外聘职工67名。其中财务及管理11名。护士39名。保卫7名。工勤10名。
　　口腔医学院目前设有口腔内科学、口腔颌面外科学、口腔矫形学、口腔组织病理学和口腔解剖生理学等五个教研室。一个综合实验室和一个口腔医学研究所。共开设12门口腔专业基础及临床课程；2001年获云南省省级重点建设学科。2005年被云南省评为省级重点专业。2006年口腔临床医学获云南省“十一五”建设规划二类重点学科。口腔修复学于2006年被评为云南省精品课程。1986年口腔内科学开始招收硕士研究生；1997年获得口腔临床医学硕士学位授权点。2002年8月。口腔医学成为一级学科硕士学位授权点。目前申报博士点的工作正在进行当中。
　　学院一贯重视科研工作。科研成果喜人。近三年来共支配科研经费374万元。年均124.7万元；科研项目获省部级奖共18项。获发明专利2项；出版学术专著5部；在国内外学术刊物发表论文284篇。其中被SCI收录11篇；目前承担各类科研项目36项。其中国家自然科学基金项目3项。
　　昆明医学院口腔医院积极倡导国际交流与合作。多次邀请美国、加拿大、日本、泰国、韩国的专家教授来我院讲学交流。与日本新泻大学、泰国玛海多大学牙学院、清迈大学牙学院建立了友好合作关系。先后有二十余名教师赴美国、加拿大、英国、日本、泰国进修学习。2004年作为中国唯一代表加入湄公河区域国际牙科协作组织(IDCMR)。并于2006年10月18日口腔医院建成揭牌之时承办了“第三届湄公河流域口腔医学协作组织学术交流会”；2006年8月承办了全国“牙周病检查诊断及治疗的规范化评估”培训班。近三年中。共二十余名研究生和本科生被选派赴泰国和北京等地参加国际学术交流活动。