南京医科大学眼科医院系南京医科大学附属眼科医院，江苏省红十字眼科医院，隶属于南京医科大学第四临床医学院，是在原中日友好南京眼科医院的基础上创建的融医疗、教学、科研于一体、与国际接轨的高精尖眼科专科非营利性医院，是江苏省公费医疗、南京市公费医疗及江苏省、南京市城镇职工和居民医保定点眼科专科医院，为江苏省验光配镜从业人员实训考核基地，江苏省中小学生眼保健教育示范基地，南京医科大学硕士生培养基地，拥有中央与地方共建高校特色优势学科实验室——南京医科大学医学视光学教学实验室。
　　1994年在江苏省卫生厅、南京医科大学及其一附院的关心下，在日本名古屋NAGALION俱乐部、国际著名眼科专家安藤文隆博士、邱信男院长、杉田院长等国际友人的共同支持下，袁南荣教授和蒋沁博士筹建了江苏省第一个国际合作性眼科专科医院——中日友好南京眼科医院（江苏省人民医院眼科分院）。医院在江苏省率先开展了视网膜玻璃体手术、白内障超声乳化人工晶体植入术、深板层角膜移植术、眼前段再造术、难治性眼外伤手术（包括眼内非磁性异物取出术及联合角膜移植人工晶体植入视网膜玻璃体手术）、非穿透滤过手术等一系列与国际水平同步的现代显微眼科手术，至今仍然代表着眼科临床最复杂的手术技能，为江苏省眼科手术水平的整体提高，作出了巨大贡献。经过多年临床实践的积淀，形成了医院的显著特色，即高水平的眼科显微手术技术和高技能诊治疑难杂症。
　　南京医科大学眼科医院一期建筑面积3360m2，床位数80张，是目前南京市所有医院中眼科床位数最多的眼科医院。医院依托南京医科大学的雄厚资源，坚持“人才兴院”、“科技兴院”的方针，积极引进高端人才，组建高层次的医疗队伍。目前，医院共有职工90人，拥有副教授（副主任医师）以上21人，其中教授（主任医师）8人，副教授（副主任医师）13人，博士4人，博士生导师1人，硕士生导师3人，具有全省所有医院中眼科整体实力最强的人才优势。人才优势使医院具有及时掌握和运用国际最新眼科技术的实力，已获得江苏省科技进步三等奖三项、卫生厅科技进步奖、新技术引进奖一等奖各一项，江苏省自然科学基金(基础研究计划)项目一项，江苏省高校自然科学基础研究项目两项，南京市科技计划项目一项。医院不断加强师资队伍建设，医院承担了南京医科大学眼科学及2006级眼耳鼻喉专业的教学任务，眼视光专业已获得卫生部、教育部批准，于2009年开始招生。在积极开展医疗、教学的基础上，医院把开展科研任务放在医院发展的重要地位。自成立以来，医院已有7篇学术论文被SCI收录。
　　医院设有白内障、青光眼、角膜病、眼底病、玻璃体疾病、眼外伤、眼表疾病、屈光眼肌、眼肿瘤整形、斜视及近视眼防治、眼预防保健及咨询、医学检验、眼病理、中医眼科专业等十六个专科，开设了专家专病门诊，由著名专家担任学科专科带头人。
　　医院在江苏省内率先制订了各类疾病的规范诊疗流程，如斜视弱视诊疗流程、青光眼诊疗流程、眼底病诊疗流程、白内障诊疗流、医学验光诊疗流程等，做到充分利用循证医学，使诊疗行为规范化，从而对一些容易忽视、误诊的眼科疾病做到早期发现、诊断和治疗。医院拥有江苏省内最先进的全套眼科诊疗设备，包括准分子激光近视治疗仪、YAG激光机、532眼底激光机、超声乳化仪（冷超乳）、玻璃体切割机、ZEISS手术显微镜等全套进口治疗设备以及OCT（光学相干断层扫描）、全套视觉电生理检查仪、视野检查仪、眼底照相及眼底荧光血管造影和脉络膜血管造影仪、附20Hz的最新眼科专科A/B超、角膜地形图等一系列进口检查设备，具有省内设备最先进、最新最全的优势。
　　医院与美国哈佛大学、普鲁维顿斯大学、日本名古屋大学、杉田眼科病院等有着广泛的国际间学术交流。从2004年10月建立以来，已为江苏省及外省市20多万名眼科疑难病人以及外宾服务，赢得了良好的社会声誉。2006年底和2007年初，国家发改委综合改革司副司长连启华、国家医师协会会长殷大奎分别率员对医院进行考察，对医院规范管理、高水平治疗、亲情式服务给予高度评价。2006年4月，在中国社会调查事务所江苏分所组织的“江苏万人评议医疗机构满意度”调查活动中，医院被评为“最佳满意特色专科医院”。2007年，医院被南京市医保评为“诚信医院”，被南京市卫生局授予“2007年全市医院管理年活动先进单位”。