1998年，在北京市重点学科专项资助下，北京肿瘤医院组建“乳腺疾病防治中心”。2004年结构调整后，更名为“乳腺癌预防治疗中心”，是北京肿瘤医院第一个强调单病种诊疗功能，而非治疗手段构建的与肿瘤内科、肿瘤外科、放射治疗科平行的一级临床科室。乳腺癌预防治疗中心的任务是：依据循证医学原则，依据国际上相关领域内最新研究成果，更新观念、方法和技术手段，为就医者提供一流的规范化、专业化、人性化医疗服务，保障乳腺癌治疗的总体疗效。目前由病区、门诊和临床实验室三部分组成，现有医护人员39人，医技人员3人。功能涵盖乳腺癌筛查、影像学引导的乳腺病变介入诊断、原发性乳腺癌外科治疗、成型、原发性乳腺癌术前与术后辅助化学与内分泌治疗治疗、治疗后的定期复查、复发性乳腺癌治疗和相关临床与基础研究。乳腺癌预防治疗中心病区现有床位60张，以收治新诊断的原发性乳腺癌病例为主，完成必须住院进行的诊疗项目。门诊由专家门诊、专业门诊、介入诊断和日间病房组成。2007年乳腺癌预防治疗中心接诊2万人次，其中首诊4000人，治疗新诊断原发性乳腺癌680余例。近年来乳腺癌预防治疗中心治疗了北京市约25%的原发性乳腺癌患者，住院治疗费用低于北京市三家医院的平均水平。乳腺癌预防治疗中心处于国内领先的优势诊疗项目为：影像引导的乳腺病变介入诊断、前哨淋巴结活检、新辅助化疗与内分泌治疗、保留乳房治疗、Ⅰ期乳房成型。乳腺癌预防治疗中心首任主任为林本耀教授，游伟程院长兼任第二任主任，欧阳涛主任医师为现任负责人（乳腺癌预防治疗中心副主任）。北京肿瘤医院乳腺癌预防治疗中心顺义分中心是顺义地区唯一以乳腺癌早期诊断并综合外科手术、化疗、放疗、影像诊断、病理诊断于一体的临床治疗中心。