南京军区总医院神经内科是我国神经病学界建立最早的专科之一，现为南京大学神经病学研究所和南京军区神经内科中心。目前开展住院床位81张，附设门诊、急诊、脑血管病介入中心、癫痫中心、神经电生理中心和神经病学实验室。现有高级职称以上专家12人，90%的医生具有研究生学历，拥有博士学位者8人。南京军区总医院神经内科每年成功救治来自全国各地的大量复杂疑难病例，形成了以脑血管病、脑血管病介入诊疗、癫痫、头痛、眩晕、痴呆、肌病、帕金森病、脱髓鞘病、中枢神经系统感染性疾病等为主要特色的技术优势。科室设有高效的中风绿色通道，将“时间就是大脑”的理念融贯于急性脑血管病救治的全过程，使病人能够在最短时间内进入卒中单元得到最佳治疗，有效降低了中风患者的致残率和致死率。在国内率先开展了脑血管病介入治疗，拥有一流水平的脑血管介入专家队伍，在颈动脉和颅内外动脉狭窄血管成型和支架置入术、动脉溶栓治疗、脑血管闭塞后再通等新技术方面取得显著疗效，已开展的病例数和技术难度均居国内领先水平。神经电生理中心拥有一系列先进、精密的诊断设备，长年开展常规脑电图、睡眠脑电图、脑地形图、视频脑电及动态脑电检查，结合医院先进的影像学检查及抗癫痫药物血药浓度的监测，对癫痫的临床和基础进行了深入研究，能为每一个患者提供系统正规的治疗，确保了癫痫临床诊疗的高水平和高质量。在国内较早引进肌电图-诱发电位仪，开展神经传导速度、肌电图、重复电刺激、F波、H反射、感觉诱发电位、视觉诱发电位及脑干听觉诱发电位等多项检查，为神经肌肉疾病和脑神经损伤的诊断提供了重要的科学依据和良好的治疗指导。现为南京大学医学院、第二军医大学、南方医科大学神经病学博士和硕士研究生培养学科和南京总医院博士后招生学科，年招收博士后、博士和硕士研究生10余名。每年有40余名来自全国各地三级以上医院的医护工作者来科室进修。2005年被国家卫生部确立为全国颈动脉和脑血管介入培训基地，每年面向全国招收神经血管介入高级进修班2期。科室实验室仪器设备先进，从事有关神经损伤的再生和修复、动脉粥样硬化机制及脑血管介入治疗等方面的研究。承担国家、军队、省市级各类基金课题10余项，获军队及省部级科技成果奖多项，近5年全科发表英文SCI论文30余篇，在国内核心杂志发表论文160余篇，主编专著8本。科室率先开展了国内首个脑血管病登记注册研究，对中风患者进行长期跟踪随访，为脑血管病的防治提供有益的指导，成为国际神经病学界了解我国脑血管病现状的重要窗口。