复旦大学儿科医院医院心胸外科为我国最早建立的小儿心胸外科专业之一。近30年来，在学科建设、人才培养和社会服务方面都有长足的发展。至今已施行小儿心血管手术5000余例，手术成功率在98％以上，另有1000余例胸部疾病患儿得到有效治疗。对各类先天性心脏病的治疗积累了丰富的临床经验，尤其对新生儿、婴幼儿复杂先天性心脏病取得了突破性进展，如新生儿、早产儿完全性大动脉错位的动脉调转术，完全性肺静脉异位引流、房室共道纠治手术及各类姑息性的体－肺分流术、肺动脉环缩手术、腔肺分流术等，还有体外循环中含血心肌保护、改良超滤技术的应用。近年开展的微创心脏手术，效果良好，广受病家欢迎。每年施行各类心胸外科手术600余例，每年在各类国内外专业杂志发表论文40余篇，共编写专著20余篇。曾获国家级、省部级科技进步二、三等奖9项。另外，每年都要承办“全国先天性心脏病诊断治疗学习班”。近年来，与外宾开展广泛合作，包括美国Maine心脏中心、芝加哥儿童医院、加拿大温哥华儿童医院，香港葛量洪医院心脏中心等。每年外宾均会来院进行手术演示，进行复杂先心的手术治疗。