西南医院眼科始建于1929年，经过历代院领导和眼科前辈的努力，已形成一支由教授、副教授、讲师、主治医生、博士后、博士、硕士组成的技术力量雄厚、学术梯队合理的眼科队伍。现有博士生导师2名，硕士生导师4名，共招博士和硕士研究生35名，聘有国内外5位名誉教授和6位客座教授，均是在各自领域处于国际先进甚至领先水平的专家。近年来共获各类科研基金450万元。1986年被批准为硕士授予权学科，1998年被命名为“第三军医大学眼科专科中心”，1998年建立了西南地区第一个眼库，1999年成立了重庆市眼底病研究所，2000年被总后命名为“中国人民解放军眼科医学专科中心”，2000年获国家眼科学博士学位授权点，2001年成立第三军医大学西南眼科医院。1999年6月与重庆市残疾人联合会组建成立了“复明中心”，并组建了流动医疗队，定期深入到边远山区，大批量、低价格、高质量进行白内障复明手术。2003年被国务院残委评为全国残疾人康复工作先进集体。2004年被第三军医大学评为优秀基层单位、先进教学集体，被重庆市组织部评为学习三个代表、红岩精神先进集体。西南医院眼科分为：门诊治疗区、屈光手术中心、视光中心、特殊检查区、住院部、实验室。占地6000多平方米，住院部开设病床120张，按疾病种类不同分为A、B、C三区，实行整体护理服务制，三级医生负责制，可以满足不同层次病人的需要。2004年门诊量达61593人次，较2003年增长20.69%；收治住院病人3365人，较2003年增长45.48%；年手术量达9259台次（门诊+病房）。引进有美国、德国、日本最先进的同视机、白内障超声乳化仪，准分子激光系统，玻璃体切割系统，多波长眼底激光和眼底影像系统等，设备总价值达四千多万元。先后建立了眼科对外网站及质量管理内网，实现了内网的医疗质量管理控制体系和外网信息的实时公示，提供了大量基础临床数据平台，在网页上开辟网上留言、院长信箱、继教专栏等，为患者提供了连续性、系统性服务。西南眼科医院成立的重庆市眼底病研究所、白内障复明中心、眼库、眼屈光手术中心、现代视光中心将加速白内障和角膜病复明工程，加强眼底病、严重眼外伤和儿童斜弱视的防治和研究，不仅有助于减少重庆市的盲人，减轻政府的财政负担，也是为重庆经济稳定持续发展，为市政府将重庆市建成西南地区医疗中心和重大举措贡献我们的一份力量。2005年将以人才引进和培养为中心，以临床的系统化信息化管理为依托，以科研新技术（新的诊断仪器设备，新的治疗手段）开发和应用为突破口，创造第三发展曲线，为全国人民提供更优良的医疗服务。医疗特色1、小儿眼病组：国内最系统的开展儿童眼病（白内障、青光眼、角膜病、玻璃体视网膜病变）、斜弱视治疗与术后视力功能重建的眼科医院，拥有国内最好的小儿眼科专家和温馨舒适的儿童病房。2、玻璃体视网膜组：在重庆市最早开展玻璃体手术，病例数最多的医院，拥有知名的玻璃体手术专家。能治疗复杂性视网膜脱离、增殖性糖尿病视网膜病变、严重眼外伤等疾病，特别是已开展穿透性角膜移植联合人工角膜直视下的玻璃体手术，给濒临失明的患者带来了希望。3、白内障、眼整形组：在重庆地区率先开展了表麻下白内障超声乳化+人工晶体植入术，能治疗除常规白内障以外的复杂疾病，如玻璃体手术后无晶体眼的悬吊人工晶体植入术、多焦人工晶体植入术等。4、角膜病、青光眼组：成立全军第一个符合国家标准的眼库，开展了角膜移植手术治疗眼外伤、角膜溃疡等所致的角膜瘢痕和角膜穿孔，以及各种高难度的角膜移植手术，目前是重庆市和西南地区完成角膜移植手术例数最多的单位；对复杂青光眼的治疗也有丰富的经验。5、眼眶病组：率先在西南地区成立眼眶病专业组，能系统治疗眼眶肿瘤、眼眶骨折、甲状腺相关眼病、泪道疾病等疑难杂病。6、屈光中心：国内最早开展准分子激光治疗远视和儿童屈光参差。拥有最先进的鹰视酷眼准分子激光扫描系统，可在波前像差引导下进行个体化切削，治疗近视、远视、老视和散光。7、视光中心：在国内率先采用综合验光仪，引进美式21步验光法和视功能检测；开展了RGP治疗圆锥角膜、高度近视、散光和屈光参差，OK镜治疗小儿近视，渐变焦镜治疗老视及低视力验配等。