广州南方医院中医科是一个突出中医特色、中西医结合的综合性门诊部。设有中医内科(包括脑病、肾病、肝胆病、胃肠病、心血管病、湿热病以及中医杂病)、中医外科、中医正骨科、中医妇科、中医风湿科、中医儿科、针灸科等专科诊室。治疗血管性头痛、癫痫、慢性肾炎、糖尿病肾病、类风湿关节炎、强直性脊柱炎、退行性骨关节病、慢性肝炎、肝硬化、胆石症、糖尿病、消化性溃疡、慢性胃炎、慢性肠炎、心律失常、冠心病、糖尿病、高脂血症、皮肤疮疡、乳腺肿瘤、皮肤色素病、颈椎病、软组织挫伤、妇科常见疾病、不孕症、儿科常见疾病、中风后遗症、脑瘫等疾病方面，在全国、全军及海外形成了较大的影响。出诊专家中，有担任中央军委保健医的知名老专家，有在全国、全军及省内各专业学术组织中担任重要职务的许多年富力强的中青年专家，其中，博士、硕士导师20名。他们的精湛医术、良好医德，为广大患者提供最优质的医疗服务。南方医院门诊部4楼。广州南方医院中医科是国家药品监督局中药新药临床研究药理基地，国家中医药管理局中医脑病、中医肾病重点学科，中医慢性头痛、风湿病重点专科；广东省中医药管理局中医肝病、脾胃病重点专科，中西医结合临床专业博士学位授权点。全军中医内科专业委员会主任委员单位。在20余个各级各类中医专业学术学会中任主任委员、副主任委员及常委等职。科室主要收治脑病、肾病、风湿病、胃肠道疾病以及中晚期肿瘤等各类患者。以中医、中西医结合的理论与方法，现代辨病与中医辨证相结合，药物治疗与心理治疗相结合，中药治疗与针灸治疗相结合，内服与外用治疗相结合，以提高临床疗效为核心，将各种有效的治疗方法与途径合理有序地应用于具体病人、具体疾病的综合集成疗法，获得良好疗效。尤其是中医药治疗慢性头痛、眩晕、癫痫、慢性肾炎、肾病综合征、糖尿病肾病以及中西医结合治疗各类风湿病，如系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎、强直性脊柱炎、痛风性关节炎、骨质疏松等疾病具有明显的优势与特色。广州南方医院中医科在广东、中南地区及港澳台地区有较大影响。获得国家自然科学基金课题4项，省及军队重点课题3项，面上课题近50项。出版专著60余部，发表科研论文500余篇。研制有正天丸、正天胶囊、急泻康、珍茸补骨颗粒等新药。获广东省中医及军队科技进步二等奖4项，三等奖20余项。荣立集体三等功1次。